Dans un contexte où l’émergence et la réémergence de pathogènes viraux ne cessent d’augmenter, la détection et la caractérisation de ces agents constituent un intérêt majeur de santé publique. Le développement de tests diagnostiques adaptés est donc primordial. Ils s’appuient en général sur la détection directe du matériel génétique viral, ARN ou ADN selon le type de virus. La fiabilité de ces tests doit être assurée, en utilisant des contrôles adaptés destinés à garantir le bon fonctionnement d’un test et le rendu du résultat. Lors de ce projet EPHE, nous avons développé et produit un panel de contrôles positifs utilisé à l’’Unité des Virus Émergents en support à la plateforme hospitalo-universitaire de diagnostic : les Transcrits In Vitro (IVT) et les témoins positifs encapsidés. Ces derniers, appelés « Armored RNA » ou « Armored DNA » selon la nature de l’acide nucléique encapsidé, miment une particule infectieuse sans le caractère infectieux. Le manuscrit présente les étapes d’optimisation des contrôles IVT et ArRNA ainsi que le développement des ArDNA. Dans ce même contexte d’émergence, au-delà de la détection des agents pathogènes, la caractérisation génétique des virus en circulation est également primordiale pour la prise de décision médicale suite à une infection virale. Le séquençage est aujourd’hui la méthode de caractérisation la plus utilisée à travers le monde, mais peut être coûteuse et peut présenter des délais d'obtention des résultats relativement longs. Nous présentons ici une méthode de génotypage par endonucléase spécifique des mésappariements (endonucléase « Surveyor®Nuclease S », commerciale) adaptée au suivi des premiers variants SARS-CoV-2. Cette méthode permet l’obtention de résultats de manière rapide, fiable et peu coûteuse. L’enzyme commerciale ayant été retirée du marché, nous avons cherché à développer notre propre endonucléase de manière recombinante, pour la caractériser fonctionnellement et évaluer son utilisation dans des tests de génotypage